納税額の計算方式には「本則課税方式」と「簡易課税方式」とがあります。どちらも選択できる場合は、事業の内容や設備投資が多額であるかどうかなどの要件を総合的に検討し、判断しましょう。
①本則課税方式
本則課税とは課税売上げに係る消費税額から、課税仕入れに係る消費税額（および保税地域からの引き取りによる課税貨物に係る消費税額）の合計額を控除する方式です。
②簡易課税方式
基準期間における課税売上高が、5,000万円以下（平成16年4月1日以降開始する課税期間、個人は平成17年1月1日以後開始する課税期間より適用になります。従前は2億円以下でした）の場合は、課税売上げに一定割合のみなし仕入率を適用して、仕入税額控除の計算をする方式を選択することができます。
これは、中小企業者の事務負担軽減のために設けられた制度で、消費税創設時は5億円以下、平成3年の改正で4億円以下、平成9年で2億円以下、今回の改正では5,000万円以下と原則廃止の方向で適用の引下げが続いています。
※みなし仕入率
・第1種事業（卸売業）・・・・・・・・・・・・・90％
・第2種事業（小売業）・・・・・・・・・・・・・80％
・第3種事業（製造業等）・・・・・・・・・・・・70％
・第4種事業（第1～3、5種事業以外）・・・・・・・60％
・第5種事業（医業、歯科医業、サービス業等）・・・50％
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